Sublime Textのパッケージアップデートで毎回リセットされるので、
自分のテーマファイルのカスタマイズメモ。
Tomorrow-Nightの以下だけ変更。

/Packages/Theme%20-%20Phoenix/Color%20Scheme/Tomorrow-Night.tmTheme
<dict>
  <key>settings</key>
  <dict>
    <key>background</key>
    <string>#191919</string>
    <key>caret</key>
    <string>#00ff00</string>
    <key>foreground</key>
    <string>#C5C8C6</string>
    <key>invisibles</key>
    <string>#4B4E55</string>
    <key>lineHighlight</key>
    <string>#282A2E</string>
    <key>selection</key>
    <string>#666600</string>
  </dict>
</dict>